1951. május 15-én kezdte meg működését az Állami Egyházügyi Hivatal. A kommunista elnyomás egyházellenességének intézményesülését szovjet mintára szervezték meg, a többi megszállt országhoz képest kissé ugyan megkésve, de ez nem jelenti azt, hogy a vallásüldözés ne lett volna szerves része a rendszernek az első pillanattól kezdve.

Már 1945 tavaszától nyílt támadás érte a magyarországi egyházakat, hiszen a jogos társadalmi igényként megfogalmazott földosztás elrendelésekor azt az anyagi bázist rántották ki az egyházi intézmények alól minden kártérítés nélkül, amely biztosította a szociális, egészségügyi, oktatási intézményeinek fenntartását. A következő évben az egyesületek feloszlatásával ellehetetlenítették a vallási közösségek működését, ezzel az élő egyházat fosztották meg bázisaitól, majd a hittanórákat szorították ki az iskolák falai közül, míg végül 1948-ban sor került az egyházi fenntartású oktatási intézmények államosítására is.

A kommunista párt igyekezett ellenőrzött korlátok közé szorítani a történelmi egyházak működését, vezetőiket hűségnyilatkozat aláírásával kényszerítették arra, hogy elismerjék a totális állam felsőbbrendűségét, alkalmazkodjanak az új berendezkedéshez, és ha nem is szolgálják ki, de legalább semleges hozzáállást tanúsítsanak a pártállam működésével szemben. Legtovább a katolikus egyház tartotta magát Mindszenty József hercegprímás megtörhetetlensége miatt, azonban az ő letartóztatásával, később a szerzetesrendek feloszlatásával az utolsó támaszt is kirántották alóluk, így 1951 nyarán a katolikus klérus is aláírta az egyezséget a kommunista állammal.

Az Állami Egyházügyi Hivatal egészen 1989-ig mindenre kiterjedő ellenőrzést gyakorolt a hazai hitélet felett. A vallásüldözés eredendően a rendszer sajátja volt, hiszen az egyházak mély társadalmi beágyazottsága akadályozta az élet- és emberellenes ideológia terjedését, korlátozta a párt mindenhatóságát. A kereszténység – a zsidó vallással egyetemben – saját etikai tanításaival, erkölcsi zsinórmértékével és világos jövőképével olyan konkurenciát jelentett a totalitarizmusra törekvő bolsevizmus számára, amellyel szemben csak egyetlen módon tudott harcolni: erőszakkal. A szovjet mintára kiépülő rendszer nem egyszerűen egy politikai alternatíva kívánt lenni, hanem az élet teljességét készült maga alá gyűrni: a lelkeket akarta megkaparintani.

Miután az ötvenes évek elejére térdre kényszerítették az egyházakat és a templom falai közé szorították a hitéletet, korlátozott keretek között, de engedélyezték a papi és lelkészi feladatok ellátását, hiszen a kommunista alkotmány is szavatolta a lelkiismereti és vallásszabadságot – papíron. Az Állami Egyházügyi Hivatal alkalmazottai szoros együttműködésben végezték munkájukat az állambiztonság, a párt és a rendőrség szakosított részlegeivel, párt és állami ellenőrzés megtestesítője volt az intézmény. Miközben a rendszer az állam és az egyház szétválasztását hirdette, olyan mértékben valósította meg az állami felügyeletet, amelynek következtében az egyházi autonómia megszűnt: az egyházak korlátlan állami kontroll alá kerültek.

Figyelték a híveket, ellenőrizték a klérus által kiadott körlevelek tartalmát, cenzúráztak minden nyomtatásban megjelenő egyházi kiadványt, akár még események meghívóit, egyszerű falragaszokat is. Megszervezték az életfordulókhoz kötött szakrális ünnepek profán és állami alternatíváját azzal a céllal, hogy a papság minél inkább kiszoruljon a családok, kisközösségek mindennapjaiból. A templomba járó embereket zaklatták, gyermekeik továbbtanulását akadályozták, az egyházi intézményben szerzett érettségi sokáig akadálya volt az egyetemi felvételnek.

Az Állami Egyházügyi Hivatal – az 1957 és 1959 közötti időszakot leszámítva – önálló intézményként működött, szervezeti rendszerével átfogta és lefedte az egyházak helyi szintjeit is. Küldötteket delegáltak a püspökségekhez és egyházmegyékhez, beleszóltak a kinevezésekbe. Számon tartották, hogy hol milyen számban vesznek részt az emberek a szertartásokon, kényszerítették az egyházi vezetőket, hogy elmozdítsanak, leváltsanak olyan papokat, akik túlzott népszerűségre tettek szert, akik nagy hatást gyakoroltak híveikre.

Az egyházi élet belső irányítása mellett részt vettek a diplomáciai szintű érintkezésekben is, kapcsolatban álltak a Vatikánnal, aktívan szerepet vállaltak a kádári konszolidáció népszerűsítésében. Feladataik tehát széles spektrumot öleltek át, de minden téren szoros együttműködésben dolgoztak az állambiztonság embereivel, adott esetben még koncepciós perek legyártásában is segédkeztek. 1989-ben a hivatalt megszüntették ugyan, de hivatalnokai és vezetői közül sokan továbbra is az államigazgatás egyházakkal foglalkozó részlegein dolgoztak tovább.