Budavár 1849. május 21-i bevételét követően a magyar szabadságküzdelem új szakaszába lépett, hiszen a honvédeknek már nem csak a császári-királyi hadsereggel, hanem a cári intervenciós erőkkel is hadakozniuk kellett.

Ebben a küzdelemben a császári csapatok újonnan kinevezett magyarországi főhadparancsnoka, báró Julius Jacob von Haynau táborszernagy világossá tette, hogy győzelmük esetén nem lesz pardon: „…a lázadóvezéreket fel fogom köttetni, és minden császári-királyi tisztet, aki a forradalmárok szolgálatába állt, agyon fogok lövetni, gyökerestől irtom ki a gazt...” Személyét illetően Ludvigh János kormánybiztos is sötét jövőt jósolt: „Haynau egy oly ember, ki kegyetlenkedésben gyönyört talál. Magok az osztrákok is tébolyodott bolondnak tartották. Ő kegyetlenkedési hajlama után ítélve egyetlenegy fogolynak sem fog megkegyelmezni, hanem valamennyit megöletni.”

Igaza lett, hiszen a „bresciai hiéna” elődeivel ellentétben senkivel sem bánt kesztyűs kézzel, már júniusban munkához látott és a pozsonyi Szamárhegyen felakasztatta báró Mednyánszky László őrnagyot és Gödrösy (Gruber) Fülöp századost. A magyar közvéleményt megrázta Mednyánszky báró kivégzésének híre, ugyanis addig nem volt példa arra, hogy magyar főrendet és volt császári-királyi tisztet kivégezzenek. Haynau e lépése is jelezte, hogy az elfogottak nem számíthatnak kegyelemre, s ezt erősítette meg 1849. július 1-jei győri kiáltványa is, amely értelmében Magyarországon és Erdélyben „hadi és ostromállapot” van érvényben és a „magyar pártütéssel kapcsolatos büntettek és vétségek” esetében a katonai törvénykezés kellő szigorral fog eljárni.

Aztán következett Ormai (Auffenberg) Norbert vadászezredes, akinek kivégzéséről maga írt levelet egyik tábornoktársának: „…tegnapelőtt megkezdődött a dolog, felakasztattam egy Auffenberg nevű egyént, aki valamikor hadnagy volt a Mazzuchelli ezredben, aztán ezredes és Kossuth segédtisztje. – Kiss, Leiningen, Poeltenberg, Vécsey stb. is követni fogja, mihelyst megérkezik. Az eljárás a lehető legrövidebb lesz, megállapítjuk az illetőről, hogy tisztként szolgált nálunk, és fegyveres szolgálatot teljesített a lázadó hadseregben. Ekképp az eljárásokat a legrövidebb időn belül befejezzük… Egy évszázadig nem lesz több forradalom Magyarországon, ha kell, a fejemmel szavatolok érte, mert gyökerestől irtom ki a gazt.”

Az ifjú uralkodó, I. Ferenc József is a kíméletlen megtorlást pártolta, pedig szövetségese, I. Miklós óva intette ettől: „Adjunk hálát istennek, kedves barátom, ezért a kedvező eredményért, adjunk hálát neki, hogy megelégelte alattvalóink vérének hullását, és alkalmat ad neked, hogy uralkodói jogaink legszebbikét, a helyesen értelmezett kegyelmet gyakorolhasd… Kegyelmet a megtévedteknek, barátod kéri ezt számukra…” Ám hiába volt az „atyai” jó tanács, Haynau szabad kezet kapott Bécsből.

Az aradi várbörtönbe szállított honvéd tábornok hadbírósági eljárása 1849. augusztus végén kezdődött meg. A peranyagok tanúsága szerint a vádlottak közül azok, akik 1848 tavaszán hordták a „császár kabátját”, mind arra hivatkoztak, hogy a törvényes uralkodó, V. Ferdinánd – őt követte a trónon 1848. december 2-ától I. Ferenc József, akit csak 1867-ben koronáztak magyar királlyá – jóvoltából kerültek a szerveződő honvédseregbe, így esküjüket mindvégig megtartották.

A vádlottak közül csak négy volt született magyar. Nagysándor József, aki Kossuth feltétel nélküli híve volt, Török Ignác, a kiváló hadmérnök, Dessewffy Arisztid, a derék huszártiszt, aki vitézül küzdött Turánál, s a nyakában lógó feszület miatt az oroszok püspöknek vélték, és Vécsey Károly gróf, aki meghódoltatta Arad várát. A szálfatermetű szőke Leiningen-Westerburg Károly gróf birodalmi németként csak törte a magyart, de honvédei szó szerint a tűzbe mentek érte. A hosszú bajuszú, bikanyakú Poeltenberg Ernő lovag osztrák születésű lévén, huszárjai között tanult meg magyarul, legfőképp káromkodni, s ő volt az, aki Sándor-huszárkapitányként kézzel-lábbal tiltakozott az ellen, hogy Magyarországra vezényeljék. Mégis a magyar hadsereghez került, ahol becsülettel szolgálta ügyünket. Az utolsó hadügyér, Aulich Lajos pozsonyi német családból származott, mint ahogy német volt Schweidel József, aki 1848 késő nyarán Bécsből vezette haza a Sándor-huszárokat, és Láhner György, a magyar hadiipar megteremtője. A délvidéki nábob, Kiss Ernő örmény felmenőkkel rendelkezett – csakúgy, mint a tévesen tábornokként emlegetett Lázár Vilmos ezredes –, s ő volt az, aki az 1848 előtti hosszú békeidőszakban huszárosan gyorsította fel katonai előmenetelét: megvásárolta a rangban előtte állókat. Knezić Károly horvát anyanyelvű volt, bátyja 1848-ban esett el Itáliában, öccse pedig a magyar oldalról szökött a budai várba. Az ostrom alatt nem akart testvérével szembe kerülni, így a III. hadtestet Leiningen vezette döntő rohamra. A rácok ostora, Damjanich János szerb családból származott és a herkulesi termetű, nagyhangú, a pálinkát, bort és szivart kedvelő tábornokot kegyetlenségig menő szigora ellenére istenítették katonái.

Habár az utolsó pillanatig kegyelemben bíztak, 1849. október 5-én reggel hét órakor mindannyian emelt fővel hallgatták végig ítélethirdetésüket. Utolsó éjszakájukon számot vetettek földi életükkel, megírták búcsúleveleiket és a kirendelt papok, lelkészek lelki vigaszt nyújtottak számukra. Török Vauban egyik, várerődítésről szóló munkáját forgatta, Aulich Horatiust olvasta, Láhner fuvolán játszotta a Haldokló Edgar áriáját Donizetti Lammermoori Luciájából, míg Dessewffy nyugodt lelkiismerettel aludt.

1849. október 6-án – Latour gróf meggyilkolásának egyéves évfordulóján – reggel fél hatkor vezették ki a várárokba a golyó általi halálra ítélteket. Kiss Ernő altábornagy, Dessewffy Arisztid és Schweidel József vezérőrnagy, valamint Lázár Vilmos ezredes azért kapott katonához méltó halálnemet, mert nem a cári, hanem a császári csapatok előtt tette le a fegyvert, vagy nem harcolt közvetlenül volt bajtársai ellenében. „Éppen most szenvedtek ki négyen közülünk, még visszhangzanak a lövések szívemben. Most ránk kerül a sor, még egyszer Isten veled, egy jobb világban viszontlátjuk egymást. – Isten áldjon meg mindnyájatokat, derék bajtársaim. Isten veletek, Isten veletek” – írta sógorának utolsó levelében Leiningen, aki a maga 30 évével a legfiatalabb volt a halálraítéltek sorában.

Reggel hat órakor kilenc tábornokot a tengerzöld hajtókás, fehér gombos 25. Wocher-sorezred kirendelt katonáinak őrizetében vezettek ki a zsigmondházi rétre, ahol az akasztófák sorakoztak. Nem voltak tisztességes bitófák, ugyanis Haynau ragaszkodott hozzá, hogy október 6-án végezzék ki az akasztásra ítélteket, s a felmondási idejét töltő Franz Bott egy építkezésről szerzett cölöpöket, segédeinek pedig komoly erőfeszítésébe került, hogy eltörjék az elítéltek nyakcsigolyáit. Akasztani az útonállókat szokták, nem a katonákat, de ennek ellenére csodálatra méltó, ahogy a tábornokok igazuk tudatában, emelt fővel várták sorsuk beteljesedését. Ernst Ritter Poelt von Poeltenberget kegyelemből végezték ki elsőként. Őt követte Török Ignác, Láhner György, Knezić Károly, Nagysándor József. Hatodik volt a felakasztandók sorában Karl August Graf zu Leiningen-Westerburg alt Leiningen, aki az utolsó szó jogán alacsony rágalomnak nyilvánította az osztrák sajtó azon állítását, miszerint Buda bevételekor fogságba esett tiszteket végeztetett ki, holott ennek pont az ellenkezője történt. Leiningen nem csak daliás termetével tűnt ki civilben lévő bajtársai közül, hanem ruházatával is, ugyanis sikerült megvesztegetnie fogva tartóit, így az a kávébarna színű, piros zsinóros honvéd törzstiszti (vagyis nem tábornoki) atilla volt rajta, amelyet az 1849. évi hadi sikerei alkalmával viselt. Aztán Aulich Lajost, majd Damjanich Jánost szólították a bitó alá. Utolsónak maradt Vécsey Károly gróf, akinek császárhű apja kérte „kegyként”, hogy fia végignézze bajtársai haláltusáját. Mielőtt az akasztófához lépett, Vécsey gróf – régi haragosa – Damjanich holtteste elé térdelt, s mintegy bocsánatkérésként, megcsókolta annak élettelen kezét.

Gáspár András vezérőrnagy nem volt a halálra ítéltek között, tíz évi várfogságot kapott. Ő is Aradon volt a gyásznapon, amelyre így emlékezett vissza:

„Akik látták őket az utolsó útjukon, azt mondották, hogy a kísérő katonaság lógatá a fejét szomorkodván; de a hős hadfiak mindannyian büszke daccal menének. Úgy mesélik, hogy Damjanich még élcelőde is folyvást… És napokig úgy éreztem magam, mintha valami mocsok esett volna rajtam, hogy nem valék közöttük.”

Minderről Klapka György tábornok is megrendülten számolt be, aki 1849. október 12-én, Pozsonyban az újságot olvasva szerzett tudomást a kivégzésekről:

„A lapnak mindjárt első oldalán, nagy betűkben olvasám e súlyos jelentésű szókat: Haditörvényszéki ítélet. Az ítélet alatt következő nevek hosszú sora rögtön sejtenem engedé, hogy itt az én jó barátaim sorsa forog szóban; de azt hittem, hogy az ítélet, ha ki is lett mondva, végre nem hajtatott, hanem kegyelmi úton enyhébb büntetés lépett helyébe. Csak a mikor a névsor végére érve, ott az ítélet megerősítését és végrehajtását is olvasám s hírül vevém Batthyány Lajosnak és legjobb, legnemesebb barátaim, a tizenhárom tábornoknak október 6-án szenvedett vértanúhalálát, akkor esett ki remegő kezeimből a lap, s oly végtelen fájdalom nyilallott át szívemen, aminő sem az előtt, sem azóta nem vett erőt rajtam életemben, s amelyet elfeledni még máig sem vagyok képes, így teljesíték tehát a nekem ismételten tett ígéreteket; ez volt hát a kegyelem és enyhébb bánás, amelyet barátaim számára kilátásba helyeztek; ezért írattak hát a szerencsétlenekkel börtöneikből hozzám levelet levél után, melyekben szegények nem győzik szememre vetni a védelem makacs fentartását, amellyel csak az ő sorsuk szerencsétlenebbre és súlyosabbra fordultán munkálkodom! Csalást és hazugságot halmoztak egymásra, hogy csak siettessék halálukat. A Schwarzenbergek és Haynauk Oroszországon is ki akartak fogni kegyetlenségükkel. Magyarországnak egyszer, s mindenkorra földre kelle tiportatnia, s legjobb, legnemesebb fiainak honszeretetükért életükkel kelle fizetniök. Minő sikert aratott e törekvés s milyen gyümölcsök teremtek ez őrjöngő politika nyomán, azt a következő két évtized mutatja meg. Vajha ily szomorú időket soha se élne többé a hon! E megrendítő csapásra heves lázba estem; szobámba zárkózva, azon gondolkoztam, mire határozzam el magamat, hogy szegény hazámnak tovább is szolgálatára lehessek.”

1849. október 6-án nem csak Aradon sújtott le a császári bosszú: a pesti Újépület udvarán vadászok sortüze végzett az első felelős magyar kormány miniszterelnökével, gróf Batthyány Lajossal.

A császári hadbíróságok sorra gyártották a halálos ítéleteket – mintegy hatszáz esetben döntöttek így –, amelyeket végül az európai felháborodásnak köszönhetően nem hajtottak végre, hanem azokat többéves várfogságra vagy sáncmunkára módosították. A megtorlás idején hozzávetőleg 120 főt végeztek ki, akik között voltak katonai vezetők, politikusok, papok és lelkészek, a császári hadseregből megszökött és a honvédsereghez átállni szándékozó katonák, gerillák és fegyverrejtegetők. Honvédtisztek és honvédek tízezrei kerültek kényszersorozás útján büntetésből külhoni garnizonokba, minél távolabb magyar hazájuktól. Az 1849. évi nyári hadjárat során számos város és falu részesült kollektív büntetésben, így gyújtották fel Bősárkányt, Csornát, Csongrádot és Losoncot. Napirenden voltak a botozások és a lefogatások, akadt, hogy zsidó közösségekre vetettek ki hadisarcot, mint például Budán, Pesten, Cegléden, Kecskeméten és Aradon történt. A Kossuth-bankók térítés nélküli beszolgáltatási kötelezettségével az ország teljes lakosságát büntették, amely a háborús pusztításokon túl 66 millió forint értékű Kossuth-bankót veszített el.

Kevésbé ismert, hogy a tizenötödik aradi vértanú a széphalmi nyelvújító, Kazinczy Ferenc fia, Kazinczy Lajos ezredes volt, akit 1849. október 25-én lőttek agyon Aradon. Embertelen körülmények között szenvedett ki 1850. február 9-én az aradi várbörtönben a Petőfi által versben is megörökített Württemberg-huszárkapitány, Lenkey János tábornok. Elméje megbomlott és az akkurátus kincstári adminisztráció feljegyezte, hogy „végre halál útján fogyatékba jutott.”

„(...) egész Európának példát fogok mutatni, hogyan kell bánni a lázadókkal, és hogyan kell a rendet, nyugalmat és békességet egy évszázadra biztosítani. (…) Én vagyok az az ember, aki rendet fog teremteni. Nyugodt lelkiismerettel lövetek agyon százakat is, mert szilárd meggyőződésem, hogy ez az egyetlen mód intő példát szolgáltatni minden jövendő forradalomnak” – bizonygatta Haynau 1849. augusztus 18-án Radetzky tábornagynak szóló levelében. Azonban az aradi tizenhárom és gróf Batthyány vértanúsága örök példát adott a magyarságnak: hogyan kell a nemzet függetlenségéért, az alkotmányos rendért a végsőkig kiállni, és ha kell, meghalni is azért.