A XIX. században a magyar nyelvészek figyelme az altaji nyelvek felé fordult, amelyekbe akkor beleértették az uráli nyelveket is.  A fő motiváció a magyar nyelv, illetve a magyar nép eredetének, rokonságának feltárása volt, és sokan ekkor még egyenlőségjelet tettek a nyelvrokonság és az etnikai, genetikai rokonság közé. 

Legtöbben a török nyelveket igyekeztek alapos vizsgálat alá vonni, de egyesek figyelme a mongol nyelvek felé (is) irányult. Közülük kiemelkedett Szentkatolnai Bálint Gábor (1844-1913), akit Fogarasi János ajánlására küldött a Magyar Tudományos Akadémia keleti expedicióra. Bálint Gábor először Oroszországban a kazányi tatárok között gyűjtött nyelvi, folklorisztikai és néprajzi anyagot 1871-ben, majd 1872-ben az asztrahányi kalmükök között. Ezután, 1873-ban öt hónapot töltött a mandzsu uralom alatt lévő mongol területeken, hogy megismerje a halha-mongol nyelvet. Kazányi tatár gyűjtései három kötetben meg is jelentek, kalmük és halha-mongol gyűjtésének anyagai azonban publikálatlanok maradtak egészen a közelmúltig, amíg Birtalan Ágnes, az ELTE Mongol és Belső-ázsiai Tanszékének vezetője ki nem adta őket.

Ha Bálint Gábor mongol anyagai – egy burját nyelvtan kivételével – nem maradtak volna publikálatlanok, hanem megjelentek volna a tervezett angol, illetve német fordítással, akkor ma tulajdonképpen a nyugati mongolisztika megalapítójaként tisztelnék őt, mivel azelőtt mongolisztikai kutatásokkal csak oroszországi tudósok foglalkoztak. Hosszú kalandos külhoni évek után végül sikerült Bálintnak egyetemi katedrához jutnia, igaz, nem az általa vágyott Budapesti Tudományegyetemen. 1893-tól a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem Urál-altaji Tanszékének vezetője lett, ahol tizenkilenc évig oktatta a tanulóifjúságot. Itt külön stúdiumként még nem jelent meg a mongolisztika, hanem az urál-altaji összehasonlító nyelvészet tárgykör keretében kaptak a hallgatók ismereteket a mongol nyelvekről is.

A rendszerszintű mongoloktatás a máig a mongolisztika egyik legnagyobb klasszikusának tartott Ligeti Lajos (1902–1987) színrelépésével kezdődött el. Bár Ligeti Budapesten a Magyar Királyi Pázmány Péter Tudományegyetemen (1950-től ELTE) fizetés nélküli tanársegédként már 1931-ben elkezdett mongol témájú órákat is tartani, a lényeges mozzanat az volt, amikor 1939-ben megalapította az egyetemen a Belső-ázsiai Intézetet (később: Belső-ázsiai Tanszék). A tanszék a mongol, tibeti és mandzsu kutatások világszinten kiemelkedő műhelye lett a vezetése alatt. Fontos esemény volt a tanszék életében, hogy 1956-ban az ELTE-n védte meg mongol nyelvészeti témájú doktori disszertációját a neves mongol tudós és író, Jönsőbü Bjambín Rincsen, aki ennek köszönhetően lett a legelső mongol akadémikusok egyike. Ennek ellentételezéseképpen 1958-ban Ligeti Lajos legígéretesebb tanítványai (Kara György, Róna-Tas András, Kőhalmy Katalin, akik később nemzetközileg is jelentős tudósok lettek), expedíciós utazást tehettek az azidőben külföldiek elől hermetikusan elzárt Mongol Népköztársaságban.

1969-ben Ligeti, aki a tudományos kutatást és az egyetemi oktatást mindig egymástól elválaszthatatlan egységként kezelte, a Tanszéken megalapította – a hivatalosan az MTA égisze alatt működő – Altajisztikai Kutatócsoportot. A kutatócsoport a 2006-os sajnálatos megszűntetéséig jónéhány világszerte elismert mongolista és turkológus számára biztosított álláslehetőséget.

Ligeti nyugdíjba vonulása után tanítványa, Kara György (1935–2022) vette át a tanszék irányítását. A hagyományosan erős filológiai és nyelvi képzés mellett jelentősebb szerephez jutottak a buddhizmussal és nyelvjáráskutatással kapcsolatos stúdiumok is. A szak 1993-ban B-szakból felvételi szakká vált, ami után a hallgatói létszám (átmenetileg) ugrásszerűen megnőtt.

Kara Györgyöt Birtalan Ágnes követte a tanszékvezetői pozícióban. A korábbiak továbbvitele mellett olyan újabb kutatási témakörök kaptak nagyobb figyelmet, mint a sámánizmus, a népvallás, a tárgyi néprajz, a nyugati mongolok (ojrátok és kalmükök) nyelve és műveltsége. 

Napjainkban a tanszék a tibeti szak kiválása után kizárólag mongolisztikai képzést nyújt. A mai világban unikumnak számít a világban az önálló mongol szak, illetve tanszék léte, mivel a tudományos szempontok egyre inkább háttérbe szorulnak a gazdaságosságiakkal szemben, így a – természetükből fakadóan – kis létszámú szakokat szerte a nyugati világban felszámolják, vagy összevonják más területekkel. 

Ligeti Lajos tudományszervezői tevékenységét dicséri, hogy Budapest mellett Szegeden is sikerült kiharcolnia egy elismert altajisztikai műhely létrehozását. 1974-ben a Ligeti-tanítvány Róna-Tas András vezetésével a Finnugor Nyelvtudományi Tanszéken belül megalakult az Altajisztikai Csoport, amelynek tíz év után sikerült elérnie az önálló tanszéki rangot. A tanszék mindig elsősorban török orientáltságú volt a működése során, de idővel Khabtagaeva Bayarma és Kempf Béla irányításával rendszeressé vált a burját nyelv magas szintű oktatása. Az SZTE Altajisztikai Tankönyvtár sorozatában ők ketten magyar nyelvű burját tankönyvet is megjelentettek 2011-ben. Az altajisztika szakos képzés során a hallgatóknak a mai napig a burját és a kazak közül lehet választaniuk az egyiket kötelező második altaji nyelvként.