Az erdélyi határőrség megszervezése Mária Terézia királynő uralkodása alatt, 1762-1764 között történt. E katonai szervezet feladatai közé tartozott a határok biztosítása, a fertőző betegségek behurcolásának megakadályozása, a csempészet visszaszorítása, de a bécsi hadvezetés felhasználhatta Erdély közbiztonságának fenntartására és külhoni háborúkra is. A Habsburgok ismerték az erdélyi nemzetiségi helyzetet, ezért számoltak azzal, hogy szükség esetén az oláh határőröket a magyar mozgalmak, a székely határőr alakulatokat pedig az oláhok ellen vezényeljék. A határőri intézményt a székelyek esetében a régi hadkötelezettség jogcímén akarták előkészíteni, bár azok kiváltságait még a Rákóczi-szabadságharc után elvették, és a székelyeket adófizetésre kötelezték. Amíg az oláhoknál a határőri státus a jobbágysorból való felemelkedést, addig a székelyeknél személyi elnyomást és újabb terheket jelentett.

A keménykezű báró Adolf Buccow lovassági tábornok 1761 elején kapta meg az erdélyi határőrszervezés feladatát, Erdély katonai főparancsnoka és királyi biztosa Erdély északkeleti határszélén, Beszterce-Naszód oláhok lakta vidékén kezdte meg munkálatait. Az ottani oláhok közül négyezren iratkoztak fel határőrnek, görögkeleti vallásukat görög katolikusra cserélték, belőlük két határőr gyalogezredet és egy rövid életű dragonyosezredet szerveztek. Ezen felbuzdulva 1762 áprilisában Buccow Bécstől engedélyt kért és kapott a határőrség további szervezésére. Nagy lendülettel, de alkotmányos előkészítés nélkül folytatta a ténykedését, ráadásul egy lényeges dolgot elhallgatott, méghozzá azt, hogy a királynő önkéntesen akar a székelyek körében határőröket toboroztatni. Báró Karl Schröder ezredes kapott parancsot ennek végrehajtására, és Buccow utasítására báró kászoni Bornemissza Pál csíki királybíró támogatta ebbéli tevékenységében. Sajnálatos tény, de a szervezést a székely főtisztek is pártolták ahelyett, hogy tiltakoztak volna a törvénytelenségek ellen és kiálltak volna a székelyek öröklött jogai mellett. A szervező bizottság a királynő nevében adott ki felhívást: fő- és jószágvesztés, valamint pénzbüntetés terhe mellett minden 18–45 év közötti férfi számára kötelezővé tette az összeíráson való megjelenést, ahol magasztalták a székelyek régi vitézségét, kilátásba helyezték a földadó eltörlését és a régi szabadságjogok visszaállítását.

A bizottság először Gyergyóban kezdte meg ténykedését. Alfaluba 1762. június végén szállt ki, majd Gyergyószentmiklóson folytatta munkáját, míg az albizottságok a falvakat járták. A székelyek többsége protestált, ők mindig is szabadok voltak, katonáskodni saját, régi törvényeik szerint szoktak a soraikból megválasztott tisztek alatt, ezért csak ilyen feltételek mellett hajlandóak fegyvert fogni. Augusztusban megtörténtek az első összeírások Gyergyóban, Csíkban, Kászonban és Háromszéken, igaz, a székelyek mindenütt tiltakoztak és régi jogaik tiszteletben tartását kérték, mire a császári tisztek fenyegetéseik mellett meg is pálcáztatták az ellenszegülőket. Az Udvarhelyszékhez tartozó Bardóc fiúszéken is megtörtént az összeírás, de a helyiek itt is morgolódtak. Azután a kisebb-nagyobb ellenszegülések nyílt ellenálláshoz vezettek. Az udvarhelyszéki Homoródalmáson a helybéliek és a szomszéd falvak odarendelt férfilakossága kijelentette, nem hajlandó engedelmeskedni az összeírási parancsnak.

A tiltakozókhoz még negyvenhárom település szabad székelysége csatlakozott. Buccow Udvarhelyre sietett, de nem járt eredménnyel, ezért bosszúból katonaságot hagyott hátra. A székelyek a szombatfalvi réten tartottak tiltakozó gyűlést, ahol emlékiratot szerkesztettek, de mozgolódásuk a többi székely szék ellenállására is kihatott. Október 22-én a Gyergyószentmiklósra berendelt, már összeírt székelyek kijelentették, szabadságjogaik megerősítése nélkül nem hajlandóak letenni az esküt. Buccow ezt nem ígérte meg, mint ahogy azt sem, hogy saját tisztjeik vezetik őket, s nem kerülnek külországba, ha a hadi helyzet úgy kívánja. Elfogatta küldötteiket, Ambrus Ferencet és Bartalis Mátyást, erre a székelyek megrohanták a generális szálláshelyét, aki elfutott. 

Az elégedetlenkedés egyre nőtt, a gyergyóiak visszaadták a kiosztott fegyvereket, és hazamentek. A császáriak válaszul az „oszd meg és uralkodj” elv alapján a fegyvert elfogadókat a vonakodók ellen fordították, a határőrségre kiszemelt székelységet a nemesekre és a tisztviselőkre uszították. Mivel a nemesek egy része a sorozóbizottságok tagjai között volt, a köznép joggal gondolhatta, hogy azok elárulták a székely szabadságot, ami erőszakoskodáshoz és véres összetűzésekhez vezetett. A székelyek zöme nem akart fegyver alá állni a régi szabadságjogok biztosításának hiányában Csíkban és Háromszéken, nem kívántak egyszerre adót fizetni és katonáskodni.

Zöld Péter csíkszentléleki plébános a nemeseket, lófőket és gyalogokat néhány faluban arra eskette, hogy segítik egymást Buccow ellenében. A székek vezetői igyekeztek egymással felvenni a kapcsolatot, hogy a külső nyomás és a belső, zavaros állapot felett legyenek úrrá. Vezető egyéniség hiányában sajnos közös álláspontra nem tudtak jutni. A székelység lázongott, régi szabadsága és életmódja került veszélybe, a nép elvárta, hogy a székek vezetői és a nemesség vele lépjen szövetségre, és fogjanak össze a császári hatalom erőszakoskodása ellen. Ez azonban a Habsburgok sikeres megosztó politikája következtében meghiúsult. 

Amikor Mária Terézia értesült az eseményekről, 1763. január 6-i leiratában tudatta, hogy a határőrségbe csak az önként jelentkezőket írják be. Buccow helyére Siskovics József altábornagy került, aki új bizottságot állított fel gróf gyalakúti Lázár János és gróf bethleni Bethlen Miklós személyében. E grémium más terveket terjesztett elő a székely határőrség megszervezésére, miközben elkészült a királynő új rendelete is, amely előírta két gyalog- és egy huszárezred felállítását. A rendelet szerint Csík-, Gyergyó- és Kászonszék, Háromszék területén és Bardóc fiúszékben indult meg a szervezés. Ez nem elégítette ki a katonarendet, amelynek tagjai kijelentették, hogy inkább adóznak, minthogy ilyen körülmények között teljesítsenek határőri szolgálatot. Az uralkodónő ekkor már a székelyek kötelező határőri szolgálatáról döntött, így 1763 őszén az új bizottság ennek szellemében látott munkához. kijelentve az önkéntesség megszűnését és azt, hogy a fegyverek kiosztása karhatalmi felügyelet mellett történik. Az erőszakos hangvétel miatt Csíkszék panaszt tett a Guberniumnak, amely válaszul kötelezte a széki tisztviselőket az összeírás támogatására. A bizottságnak könnyű dolga volt Gyergyóban, ahol az ígéretek és a fenyegetések hatására a többség újból felvette a fegyvert és december 18-án Gyergyószentmiklóson esküt tett a kirendelt katonaság előtt. A közeli Madéfalva lakossága erre a környező erdőségekbe menekült. 

Amikor a bizottság Jenőfalvára szállt ki, akkor érkezett a hír, hogy nem csak Madéfalva, hanem más falvak lakossága is az erdőségekben keresett menedéket. A bizottság szigorú döntést hozott: minden ellenszegülő férfit katonaszökevénynek nyilvánított, fej- és jószágvesztés terhe mellett megtiltotta, hogy a menekültek bárkitől is szállást és élelmet kapjanak. A kirendelt katonaság Madéfalvára vonult, hogy az otthon maradt asszonyokat és gyermekeket kiűzze portáikról. Háromszékből ekkor érkezett hétszáz felfegyverzett székely, a csíkiak lejöttek a hegyekből, és kétezren gyűltek össze Madéfalván. A bizottság felszólította a Madéfalván összegyűlteket, hogy küldjék el a nem odavalósiakat, egyben jutalmat ígérve azoknak, akik feljelentik a zavargás vezetőit. A székelyek azt kérték, hogy vízkereszt ünnepének másnapján adhassanak választ, ám ezt a bizottság elutasította és Siskovics altábornagy parancsot adott a katonaságnak az ellenállás leverésére. Emanuel von Caratto alezredes karhatalmi különítménye körülzárta és lőni kezdte Madéfalvát. Több ház lángba borult, a felriadt emberek az utcákra futottak, ahol a katonaság nem ismert pardont és vérfürdőt rendezett. 1764. január 7-e véres hajnala – kitörölhetetlen nyomokat hagyva – siculicidium néven vonult be a székelység történetébe. A szörnyű esemény után készült vizsgálati jelentések 180 és 500 fő között becsülték a halottak számát, valójában 200-250-en vesztették életüket.

Sokan megsebesültek, négyszázan fogságba estek, akiket kihallgatásuk után elengedtek. A bűnvizsgálati eljárás során a vérengzés kitervelőit nem a katonaság, hanem a székelyek soraiban keresték, ennek eredményeként többeket ítéltek fogságra. Volt azonban még egy súlyosabb következmény, megindult a székelyek tömeges kivándorlása Moldvába. Felhagytak az ellenállással, ezért 1764 telén és tavaszán Csíkban, Háromszéken és Bardóc fiúszéken megkezdődött a székely határőrség összeírása és szervezése. A sors kegyetlen fintora, hogy a csíki határőrök első parancsnokává a madéfalvai vérfürdő végrehajtóját, Caratto alezredest nevezték ki.

A székely határőrség felállításával a bécsi udvar társadalmi szempontból kettévágta a Székelyföldet, a katonáskodók irigykedve tekintettek az udvarhelyszéki és marosszéki parasztosodó rétegre. A határőrök civil életét számtalan regula nehezítette, parancsnokaik még a fiatal határőrök párválasztásába is bele akartak szólni, mert a katonai terheket hordozó „székely örökséget”, vagyis a földet nem lehetett jobbágykézre juttatni. A székelyek nagy sérelemnek vélték, hogy a határőrség felállítását országgyűlési törvény nélkül hajtották végre, ezért szabadulni kívántak e „székely sérelemtől”, amelyet 1848/1849-ig kénytelenek voltak viselni. Katonai szervezettségük 1848 őszén vált felbecsülhetetlen értékűvé, amikor a székelység önvédelmi harca megállította a császáriak erdélyi térnyerését.