Goldziher Ignác arabista, sémi filológus hatalmas életműve már életében is, és azóta is nemzetközi elismerésnek örvend – ezt bizonyítja az MTA Keleti Gyűjteményében őrzött 13700 levél is, melyeket kora jelentős arabistái, sémi filológusai, vallástörténészei írtak hozzá –, a magyar orientalisztikát az élvonalba emelte. Különleges munkásságának, mely máig a Keletre nyitás egyik legszebb példája, kulcsa a vallások és kultúrák fejlődésének összehasonlító vizsgálata, s az egyetemeségre törekvés: hogy a Közel-Kelet kultúrtörténetének minden aspektusát, a néprajzot, egyetemes történelmet, nyelvészetet, a biblia- és vallástudományt felölelje.

Művei egy részét hazai közönségnek írta, s így az orientalisztika számos tudományos novuma elsőként magyarul fogalmazódott meg.

Tanulmányait Székesfehérváron, a Ciszterci Gimnáziumban kezdte, ahol a klasszika-filológia az oktatás alapvető része volt; már ekkor Biblia- és Talmud-tanulmányokba fogott; tizenkét éves korában pedig megírta első német nyelvű értekezését, a Sīhat Yizḥaqot (1862), melyben történelmi kontextusban tanulmányozta a vallási jelenségeket.

1865-ben családja Pestre költözött, így középiskolai tanulmányait a Pesti Református Gimnáziumban fejezte be 1867-ben. Tizenhat évesen Télfy Iván (1816–1898), Horváth Cyrill (1804–1884), Riedl Szende (1831–1873) és Vámbéry Ármin (1832–1913) tanítványaként kezdte meg egyetemi tanulmányait. Klasszika-filológiai, filozófiatörténeti, nyelvészeti és orientalisztikai előadásokat hallgatott.

Eötvös József vallásügyi és oktatási miniszter támogatásával 1868-tól ösztöndíjasként a berlini, lipcsei, leideni, ill. bécsi egyetemeken tanult, majd 1873–74-ben Szíriában, Palesztinában és Egyiptomban járt tanulmányúton. Az ösztöndíj célja az volt, hogy Goldziher, visszatérve, egyetemi tanár lehessen. A Berlinben és Lipcsében eltöltött évek, majd később a leideni és bécsi kutatás meghatározták holisztikus világtörténeti megközelítését, hogy egy adott jelenséget az egyetemes történelem részeként vegyen figyelembe, és a társadalmi jelenségeket, azok kialakulását, fejlődését történelmi kontextusukban vizsgálja. Az európai egyetemeken folytatott tanulmányai során új módszertani megközelítésekkel, például a modern bibliakritikával is megismerkedett.

Közvetlen, személyes kapcsolatok és az orientalisztika kortárs kiemelkedő munkái egyaránt hatottak rá. Berlinben vezető tudósok kurzusain vett részt, akik nem csak az arabisztika terén, hanem más tudományágakban is hatással voltak Goldziherre.

1868 augusztusában hagyta el Berlint és ment Lipcsébe, ahol arab, perzsa, török, szír nyelvi kurzusokra, szanszkrit nyelvtanra, lélektanra járt. Szakdolgozatát Studien über Tanḥūm Yerūšalmi (1870) címmel fejezte be, benne egy judeo-arab bibliamagyarázó munkájával foglalkozik, aki a Mišnē Tōra szókincsét arabul dolgozta fel. PhD vizsgáit 1869-ben tette le.

Ezt követően visszatért Magyarországra, és habilitálni szeretett volna, de erre 1871-ig nem volt módja – az ellenlábasok, akik Vámbéry Ármint szélhámosnak tartották, Goldziherre pedig tanítványaként tekintettek, elérték, hogy erre csak az európai tanulmányút befejezése után kerülhessen sor. Így az 1870–71-es tanévben még egy szemesztert Lipcsében töltött, majd 1871 márciusában Leidenbe utazott, ahol – többek közt – klasszika-filológiai előadásokat is hallgatott. Még fontosabb volt a leideni könyvtárban végzett kutatása, különösen a kéziratok tanulmányozása. 1871 októbere és 1872 februárja között Bécsben, a Hofbibliothekben kutatott, majd hazatért Magyarországra, és Pesten egyetemi magántanárnak nevezték ki; a külföldi tapasztalatok után ez egy csalódásokkal teljes időszak volt számára a kevés és felkészületlen hallgató miatt.

Külföldi tanulmányainak utolsó időszaka 1873 szeptemberében kezdődött és 1874 áprilisában ért véget. Ismét ösztöndíjasként Szíriában, Palesztinában és Egyiptomban járt. Kapcsolatba került a nahḍa (arab reneszánsz) jeles személyiségeivel, majd ő lett az első európai, aki engedélyt kapott, hogy az al-Azhar mecsetben és hozzá kapcsolódó egyetemen, az iszlám világának legkiemelkedőbb oktatási intézményében előadásokat látogasson. Későbbi műve, Az iszlám (1881), zárja le az itt tanultakat, melyet történeti megközelítés jellemez, ugyanakkor belülről mutatja be a muszlim társadalmat. Legfontosabb fejezetei a 3., A szentek kultusza és régibb vallások maradékai az iszlámban, mely a domináns vallás és a népi vallásosság ellentétével foglalkozik, rámutat a korábbi vallások maradványaira az iszlámban; a 4., Az iszlám építészeti emlékei kapcsolatban a muhammedán világnézettel, mely az építészetet a társadalmi funkciókkal összefüggésben vizsgálja; a 6., a Balvélemények az iszlámról, mely a XIX. században kivételes: Goldziher azt a nézetet, mely szerint a Kelet stagnál, elutasítja: az autonóm muszlim társadalom mobilitását, dinamizmusát hangsúlyozza.

A közel-keleti tanulmányútjáról nem a Pesti Egyetem professzori posztjára tért vissza: az 1871-ben elhunyt Eötvös után Trefort Ágoston minisztersége alatt, 1873-ban, Goldziher távollétében a neki szánt helyet betöltötték. Elvállalta a pesti izraelita hitközség titkári posztját, itt dolgozott 1876 és 1905 között.

Ebben az időszakban fejezte be fő fiatalkori művét, az 1876-ban megjelenő Mythos bei den Hebräernt, mely az általános vallástörténet keretében a társadalom és a mitológia kapcsolatával foglalkozik. A 19. századi irányzatok metszéspontján áll: etnológia, filológia-nyelvészet, mitológia, nyelv- és történelempszichológiai megközelítés jellemzik. Elhatárolta a mítoszt a vallás szférájától, s az evolucionista és a szimbolikus-mitológiai módszertanok összehangolására törekedve a történeti kritika eszközeit alkalmazta a bibliai vallási hagyomány vizsgálatában. A Die Ẓāhiriten (Lipcse, 1884) szinte teljes egészében kéziratos forrásokra támaszkodik; rámutat a Korán értelmezésének változására, és arra, hogy ez miként hat a muszlim jogra. E munka eredményei a mai napig érvényesek.

1885-től („A […] kemény szolgálat miatt”) feladta korábbi holisztikus szemléletét:

„Korábban mindazt, ami néprajzzal, őstörténettel, bibliai teológiával, vallástudománnyal, keleti művelődéstörténettel és a rokon tudományokkal valamiféle kapcsolatban állt, szorgosan áttanulmányoztam […]. Most e szakok rendszeres tanulmányozását háttérbe kellett szorítanom. […] a tudományoknak jutó  rövid időt teljesen az arab filológiára és történelemre, valamint az iszlámra fordítottam.” (Goldziher I., Napló. Magvető, 1984, 141.)

Az adminisztratív feladatok lefoglalták, éjszakánként gyűjtött anyagot, illetve az éves öt hetes szabadságok alatt dolgozta ki műveit. Részt vett az 1877-ben megnyílt Rabbiképző megalapításában, 1880-tól az igazgatóság tagja. 1900-tól haláláig vallásfilozófiai előadásokat tartott itt, melyeken a legfontosabb zsidó filozófusokat tárgyalta. 1894-től a Pesti Tudományegyetem fizetés nélküli, címzetes professzora.

Részt vett az 1889-es stockholmi orientalisták nemzetközi kongresszusán, ahol II. Oszkár svéd király személyesen tüntette ki, majd elkészült A hadísz kialakulása (1890) című, egyik legfontosabb műve, mely bemutatja, hogyan alakult ki és változott a történelem során egy hagyományos közösség (umma), és hogyan jött létre a társadalom életét és gyakorlatát irányító hegemónia. A változatlan norma és a változó gyakorlat közötti kapcsolat maga a ḥadīṯ.

1906 májusában meghívást kapott, hogy tartson előadásokat az amerikai egyetemeken az iszlám történetéről. 1907-ben elkészítette a német kéziratokat, de gyenge egészségi állapota miatt végül nem olvashatta őket fel. 1910-ben az anyag a Vorlesungen über den Islam címmel jelent meg.

A világháború felforgatta Goldziher irodalmi tevékenységét, sok tudóssal kellett megszakítania levelezését. A legtöbb külföldi kiadvány még a fegyverszünet után sem jutott el hozzá.

Csak az ötvenes éveiben kapott végre megfelelő állást az egyetemen. Közben számos külföldi ajánlatot kapott, de ezeket visszautasította, mert hitt benne, hogy az ember történelmi viszonyok szüleménye, jellemét a körülmények határozzák meg, ezért kötelességének érezte Magyarországon maradni (Somogyi József idézi tőle: „A tudománynak nincsen hazája, de a tudósnak kell hogy hazája legyen” Somogyi, J. de, My reminiscence of I. Goldziher, in: The Muslim World 51(1961):5–17, 15–16.), s ugyanebből az okból írta tudományos munkáinak jelentős részét is magyar nyelven.

Utolsó nagy műve a Die Richtungen der islamischen Koranauslegung (1920). Megjelenése idején anyagának nagy része új volt, számos új példát mutatott be.

A Magyar Tudományos Akadémia 1876-ban levelező tagnak fogadta el, majd 1892 -ben rendes tag lett. Nyolc külföldi akadémia tagja volt, két külföldi egyetemen szerzett díszdoktori fokozatot.