Kapitánffy István sok éven át, egészen haláláig vezette az ELTE Görög Tanszékét, valamint tanított az Eötvös Collegiumban, s mindeközben a PPKE Középkortudományi Intézetének megszervezésében is részt vett, és annak vezetője is volt.

Pályája nem indult könnyen, 1955-ben fejezte be görög–latin–történelem szakos tanulmányait, abban az épületben, ahol egykor piarista diákként a középiskolát kezdte. Úgy tűnt, hogy a Moravcsik Gyula mellett tevékenykedő kiemelkedő képességű ifjúnak egyenes útja lesz az egyetemi katedrához, de nem így történt. Közel húszévi mellőzöttség, általános és középiskolai tanári, valamint kiadói munka után 1974-ben csupán baráti meghívással sikerült elhelyezkednie az egyetemen. Bollók János megemlékezésében az 1970-es évekre vonatkozóan olvashatjuk: „Pistának egyetlen bűne van, az, hogy Kapitánffynak hívják. Ezt manapság sokan nem tudják megbocsájtani neki.”

A klasszika-filológia tárgykörében keletkezett és a magyar történelem bizánci kapcsolatait vizsgáló írásai máig mértékadóak számunkra. Módszere mindig logikus, egyértelmű és következetes volt mind műfordításaiban, mind szakmunkáiban. Az előbbi témában a magyarság kutatását illetően kiemelkedő Prokopiosz Titkos történetének fordítása, az utóbbiak közül pedig Hungarobyzantina című írása, amely egykori kandidátusi értekezése volt, s a szélesebb olvasóközönséghez csupán halála után jutott el. A jeles kutató nem csupán a bizánci–magyar kapcsolatok kiváló szakértője volt, hanem Tegyey Imrével és Szepessy Tiborral közösen megírta a görög irodalom történetét, valamint részt vett a máig használatos ógörög–magyar nagyszótár szerkesztésében.

1997 novemberében mi, ógörög szakosok valamennyien döbbenten álltunk az ELTE Görög Tanszéke előtt, amikor megtudtuk a szomorú hírt: elhunyt szeretett tanárunk, Kapitánffy István. Amikor pár nappal korábban egy rutinműtétre indult, azt gondoltuk, hogy rövidesen ismét találkozhatunk vele. Sajnos nem így történt. A magyar bizantinológia kiemelkedő alakjának távozása sokunkban hagyott fájó űrt.