Az 1867. évi kiegyezés utáni korszak első nagy újjáépítési vállalkozása volt a budavári Nagyboldogasszony-templom, közkeletűbb nevén a Mátyás-templom rekonstrukciója. Ebben az időszakban először I. Ferenc József 1867. június 8-i magyar királlyá koronázása alkalmával került az országos figyelem középpontjába, ugyanis itt helyezték az uralkodó fejére a Szent Koronát. Majd az augusztus 20-i Szent István-napi ünnep során rendre itt tartották a szentmisét és a szónoklatot egészen 1875-ig. Az egyházi szertartást 1876-tól csaknem húsz évig a helyőrségi templomban bonyolították le.

A budavári Mátyás-templom főhomlokzata 1841–1873, a kép lelőhelye: Vasárnapi Ujság, 26. (1879) 6. sz. 85., lelőhely: Arcanum

Az épület állapotának elhanyagoltsága már az 1867-es koronázáskor is szemet szúrt, ezért már ekkor felvetődött a helyreállítás gondolata. A felújítást a Műemlékek Országos Bizottságának javaslatára a király 1873. november 25-én kelt rendelettel hagyta jóvá, s százezer forint támogatást biztosított. A munkálatok megtervezésével és irányításával Schulek Frigyest bízták meg, aki a következő évben hozzá is látott az építmény felméréséhez, hogy meghatározhassa a helyreállításhoz szükséges feladatokat. „E nevezetes építészi műemlék, […] falain sok átalakítás nyomait viseli, melyeket a vakolat lehántása tüntetett fel. Alapfalai nem mélyek, mert az egész templom sziklára épült, s a bejárat előtt is oly tömör a szikla, hogy habár a templom belsejébe lépcsőkön kell alá szállni, eredetileg is igy volt. A templom előtt mindössze 1–2 lábnyi a szikla fölötti töltés.” A szemle alapján öt építési korszakot lehetett elkülöníteni, amelyekben a 14. század közepén fejeződhetett be a legjellegzetesebb jegyek kialakítása. A helyszíni feltárás számos régészeti leletet is felszínre hozott. A vizsgálat megállapításai egy jelentésbe kerültek, amelynek eredményeit összegezte a Vasárnapi Ujság a nagyközönség számára. A képes hetilap – más újságok mellett – időről időre beszámolt a kivitelezés különböző fázisairól, s a szerkesztőség olykor illusztrációkkal szemléltette az előrehaladást. Schulek Frigyes 1879-re készítette el azokat a terveket, amelyekről a Vasárnapi Ujság lelkendezve tudósított: „Mennél kevesebb számmal vannak emlékeink, melyek Mátyás királyunk dicső nevéhez fűződnek, annál nagyobb lelkesültséggel karolja át a hazafias kegyelet. A nemzet Mátyás fényes korán pihenteti legszivesebben szemét, mert a nemzet magasra törő vágyait valójában csak az elégitette ki. [...] Valóban diszes templomot látunk [a látványrajzon], nemes góth izlésben. Két dusgazdagon tagozott torony disziti a templom nyugati homlokzatát és kisebb tornyocskák az épület meredek tetején s a támoszlopokon fölötte élénkítik az egész épület festői hatását. […] örvendhetünk, hogy Mátyás temploma ily szép idomban újra fölépül […]” Lotz Károly és Székely Bertalan vezették a belső díszítőfestést. A mellékkápolnák oltárképeinek megalkotásában más művészek is közreműködtek, így a Szent Imre-kápolnára Zichy Mihály, a Lorettói kápolnára Aggházi Gyula kapott felkérést. A színes üvegablakokat a bécsi Kratzmann Edétől rendelték meg. A főkapu domborművén látható Magyarok Nagyasszonyának alakja Lontay Lajos munkáját dicséri.

A főhajó a szószékkel (Paur Géza fényképe) és a templom főhomlokzata a restaurálás után. A kép lelőhelye: Vasárnapi Ujság, 40. (1893) 34. sz. 568., lelőhely: Arcanum

A kivitelezés elhúzódott, és olyan váratlan körülmények adódtak, mint amikor 1891 januárjában rábukkantak egy sírüregre, amelyről feltételezték, hogy III. Béla király földi maradványait rejtheti, ennek vizsgálatára a vallás- és közoktatásügyi miniszter a budapesti Magyar Királyi Tudományegyetem Embertani Tanszékét kérte fel. S csak az 1890-es évekre jutott abba a szakaszba, amikor az építkezés látványosabb részleteit érdemes volt megosztani az érdeklődőkkel. Az építész ugyanis „vaskövetkezetességgel” minden részletre kiterjedően ragaszkodott a historizmus diktálta elképzeléseihez, amelyeket a legaprólékosabban ő maga dolgozott ki, s a „formák olyan gazdagságát tárta föl ez épületen, mely bámulatba ejt laikust és szakértőt egyaránt. A finoman tagozott épületnek szines cserepekkel födött, meredek nyereg-födele, vörösérczfödeles tornyaival impozáns benyomást tesz a szemlélőre, a kit a templom belseje igazán vallásos áhítatra készt[et].” 1893 nyarának végére azonban a templom belső terein végzett felújítások már olyan előrehaladást mutattak, hogy azt ismét betölthették a hívek, valamint a kialakítások készültsége már lehetővé tette, hogy a képes tudósítások még inkább ráhangolják a nagyközönséget a millennium eseményére. Az építkezés tehát megengedte, hogy az 1893. augusztus végi ünnepnapok (I. Ferenc József születésnapja, Szent István-ünnep) szentmiséi végbemenjenek. Ám mindezelőtt, a névadó Nagyboldogasszony napján, 1893. augusztus 15-én megáldották a templomot, melyet „[a]z egek és föld dicsőséges fejedelemasszonyának, a mennyekbe felszállott Isten anyjának ezt a bazilikát Szent István első keresztény magyar király épitette 1015-ben”. A kiemelt műemlékről az alkalomra a Pesti Naplóban leközölt történeti áttekintés szerzője reményteljesen tájékoztatta a közvéleményt, hogy a rekonstrukció befejezése 1896-ra várható, amikor majd szerét ejtik a felszentelésnek is.  A napilapnak pedig így lehetősége volt arra, hogy megágyazzon az ezredéves ünnepségek emelkedettségének, amely alapvetően meghatározta a közhangulatot. A hasonló szellemű hírverésben általában osztozott a korabeli sajtó. Az életérzést is keltő lapokban, mint amilyen például a Vasárnapi Ujság is volt, az egyre gyakoribbá váló képes beszámolók történeti témái különösen elősegítették az olvasók számára az ábrázolt múlt átélhetőségét – jelenidejűsítését.

A nándorfehérvári diadal emlékére III. Kallixtusz pápa elrendelte a déli harangozást. Lotz Károly festménye, Paur Géza fényképe, a kép lelőhelye: Vasárnapi Ujság, 40. (1893) 34. sz. 568., lelőhely: Arcanum

Az építés végéhez közeledve a következő nagyobb esemény a templom főtornyára való keresztgomb feltűzése volt, melyet 1894-ben I. Ferenc József névnapjára, október 4-re időzítettek. A keresztgomba szánt, szép kiállítású – kalligrafikus betűkkel pergamenre írt – okmányt Vaszary Kolos hercegprímás és a megjelent országméltóságok aláírták az istentisztelet után, majd behelyezték egy tokba. A dokumentum szövegét a nagyközönség is megismerhette, amely röviden leírta a helyreállítás főbb állomásait, s az azokban közreműködő egyházi és világi főemberek szerepét.

Ezredévi ünnepélyek kezdésekor tartott hálaadó istentisztelet a Mátyás-templomban 1896. május 3-án. Weinwurm Antal felvétele, a kép lelőhelye: Vasárnapi Ujság, 43. (1896) 19. sz. 300., lelőhely: Arcanum

A várva várt 1896. esztendő bővelkedett látványosságokban, olyannyira, hogy a Mátyás-templom csak kétszer fordult elő a Vasárnapi Ujság oldalain, az Ezredéves Kiállítás május 2-i megnyitásának alkalmából celebrált hálaadó szentmise megjelenítéséhez. A hetilap képi világát csaknem egészében kitöltötték a millennium látnivalói, s azon belül széles teret kapott a király június 8-i megkoronázásának emlékére rendezett Szent Korona ünnepe. A Mátyás-templom augusztus 15-i felszenteléséről a Fővárosi Lapok adott részletes tudósítást. A szigorú rendhez kötött eseményt tömeges érdeklődés övezte, a rendőröknek kordont kellett alkotniuk. A liturgia szabályait követve először csak egyházi szereplők lehettek jelen: „A templomba senkit nem bocsátottak, a szertartásnál segédkező papságon meg a szürke nénéken kívül, akik a felszentelt oltárokat a szertartás után felszerelték.” A hercegprímás reggel 8 órára érkezett, őt fogadták az egyház jelen lévő emberei, és megkezdődött a szertartás. A papság kivonult a templomból, az ajtókat bezárták. „A menet ezután megindult a templom körül. A főkapunál megálltak s bekopogtattak az üdvözitő nevében. A templomot háromszor járták körül a lorettói kápolnából leszedett ereklyékkel, igy Szent-László, Domonkos, Margit, Szent-Adalbert (István keresztelője) s egyéb ereklyékkel s harmadik kopogtatásra megnyilt a főkapu, mire a papság a templomba vonult, éneklés mellett. A bemenetnél megkezdték a Mindszentek litániáját, s a főkaput ismét bezárták. Az ének befejezte után kereszt alakban felhintették a szentelt hamut a hajó közepén, amelybe a herczegprimás az Isten igéjét hirdető vörös betűket irta pásztorbotjával.  Ezután körüljárták a templom belsejét, s annak falait a herczegprimás szentelt vizzel megszentelte s 12 helyen az apostolok emlékére a falban elhelyezett gyertyatartókat olajjal kente meg, mire a gyertyákat meggyujtották. Erre megkezdődött az oltárszentelés. A főoltárt Vaszary Kolos bíboros herczegprimás, a szent László- és keresztoltárt Jung püspök, a Szent-Háromság és Szent-Imre oltárt Boltizár püspök szentelte meg. A szertartások alatt a főegyházi férfikar Seyler Károly Antifonáit adta elő. Az oltárszentelés után megnyíltak a templom kapui s a közönség bevonult.” A koronaőrség sorfalat állt a főbejárattól a szentélyig, a magyar díszruhás főméltóságok az első padsorban foglalták el helyüket, közben a „szürke nénék” felszerelték az oltárokat, és kezdetét vehette a 11 óráig tartó nyilvános ünnepi főpapi nagymise egyházi énekekkel, orgonakísérettel, s ezzel lezárult a templom felszentelése. A tudósítás végezetül kitért arra, hogy „[a] közönség ezután nagy tömegekben vonult a gyönyörű templomba, különösen feltünően sok idegen. A templomot 12 órakor bezárták, s a közönség is elszéledt.” Az idézett, részletes leírás hűen tükrözte a millennium emelkedettségére jellemző, szakrális és világi történeti hűségre törekvő szellemiséget.

A budavári főtemplom 1896. augusztus 15-i, legünnepélyesebb keretek közt történő felszentelésével mindent megtettek azért, hogy az méltó legyen a Nagyboldogasszonynak kijáró szentséghez és tisztelethez. A szecesszió jegyében mesterien újjáépített műemlék azóta még inkább hívők és nem hívők zarándokhelyévé vált.