A XIX. században magyar tudományos körökben igen erősen jelen volt a magyarság keleti származásának gondolata. A kutatókat fűtötte a vágy, hogy felfedjék a magyar nép, illetve a magyar nyelv rokoni kapcsolatait, megoldják származásuk rejtélyét.

A magyar nyelvben meglévő jelentős számú jövevényszó, a nagyfokú tipológiai hasonlóság – az egyéb, nem nyelvészeti okokon túl – természetes módon irányította sokuk figyelmét a török nyelv, illetve a törökség kultúrájának tanulmányozása felé.

Az ELTE 2020-ban ünnepelte a Török Filológiai Tanszék megalakulásának 150 éves évfordulóját, aminek apropóját az adta, hogy a Keleti Nyelvek Tanszékének 1870-ben lett rendes professzora a világhírű turkológus, Vámbéry Ármin. A tanszék a nevében ekkor még nem, de fő profilját tekintve mindenképpen turkológiai volt, így joggal mondhatjuk róla, hogy a világ egyik legrégebbi turkológiai tanszéke.

A török nyelv megjelenése az egyetemen azonban még korábbra megy vissza.  Először Repiczky János tett kísérletet arra 1846-ban, hogy török nyelvet taníthasson a Pesti Királyi Egyetemen, az intézmény vezetése azonban elutasította azon nagylelkű javaslatát, hogy a diákságnak fizetés nélkül arab, perzsa, török és szanszkrit órákat tartson. Végül 1850-ben mégis sikerült megszereznie az engedélyt a török nyelvi és irodalmi órák tartására. Mivel azonban szívbetegsége miatt a halál nagyon fiatalon, 38 éves korában elragadta, így a törökoktatás első periódusa 1855-ben véget is ért a pesti egyetemen.

Vámbéry 1904-es nyugdíjba vonulása után a tanszékvezetői poszt több mint tíz évig betöltetlen maradt, mivel az 1906-ban a Vámbéry utódjául kiválasztott Thúry József néhány héttel kinevezése után elhunyt. Bár Vámbéry 1913-as haláláig fogadott érdeklődő hallgatókat a lakásán, de szisztematikus képzést nem nyújtott nekik. 

Nemsokára azonban eljött a hosszútávú megoldás. A tanszéket 1915–1965 között ötven éven keresztül vezette a világhírű turkológus Németh Gyula, aki huszonöt éves korára már olyan mennyiségű és minőségű publikációval rendelkezett, hogy különleges engedélyt kapott a magántanári habilitációra, és ezzel Vámbéry üresen maradt székének megöröklésére. Németh vezetése alatt a tanszék átalakult Török Filológiai és Magyar Őstörténeti Intézetté. Németh amellett, hogy a szak oktatási profilját bővítette – például oszmán történelmi stúdiumokkal –, bevezette a proszemináriumi oktatási formát. Németh Gyula nyugdíjba menetele után egy újabb világhírű tudós, Ligeti Lajos került a Török Filológiai Tanszék élére, aki e posztja mellett párhuzamosan vezette a Belső-Ázsiai Tanszéket is. Ligetinek nemcsak tudósi, de tudományszervezői tevékenysége is páratlan volt. Mivel az oktatást és a kutatást mindig a legszorosabb egységben képzelte el, megszervezte az egyetemen az MTA égisze alatt működő Altajisztikai Kutatócsoportot, ahol olyan jeles turkológusoknak adott állást, mint Schütz Ödön, Vásáry István és Mándoky Kongur István.

Ligetit nyugdíjba vonulása után a tanszék élén olyan neves tudósok követték, mint Kakuk Zsuzsa, Vásáry István, Káldy-Nagy Gyula, Dávid Géza és Péri Benedek.  A tanszék az ő irányításuk alatt is töretlenül folytatta a nemzetközileg is elismert széles spektrumú turkológiai képzést az egyetemi oktatás mindegyik szintjén. 

Noha nevében a budapesti az egyetlen magyarországi török tanszék, létezik még egy megbecsült egyetemi turkológiai képzőhely hazánkban. 1984-ben a József Attila Tudományegyetemen (ma: Szegedi Tudományegyetem) megalakult az Altajisztikai Tanszék, amelyet joggal tekinthetünk a második magyarországi török tanszéknek. Az altajisztikai, illetve turkológiai stúdiumoknak azonban voltak előzményei, különösen, ha figyelembe vesszük, hogy a szegedi székhelyet a nemzetgyűlés 1921-ben jelölte ki a kolozsvári tudományegyetemnek, ahol turkológiai tanszék nem volt, viszont turkológiai vonatkozású stúdiumok megjelentek az oktatásban. 1893-ban Szentkatolnai Bálint Gábort nevezték ki az Ural-altáji Tanszék professzorának, aki 1913-ban bekövetkezett haláláig oktatott ural-altaji összehasonlító nyelvészetet. A tanszéken 1908-tól Pröhle Vilmos tartott kurzust Oszmanli-török nyelvtan címmel. Az egyetem Szegedre költözése után az 1930-as években Mészáros Gyula tartott előadásokat a csuvas nyelv történetéről, az oszmán-török irodalomról és a török népköltészetről.

Szegeden a szisztematikus altajisztikai képzés Ligeti Lajos ösztönzésére indult el, amikor tanítványa, Róna-Tas András az 1968/69-es tanévben a Finnugor Nyelvtudományi Tanszékre került, ahol először csuvas órákat hirdetett meg, majd a Magyar nyelv török elemei kurzust. Az 1971/72-es tanévtől elkezdődött a törökországi török nyelv oktatása, 1974-ben pedig Róna-Tas vezetésével a Finnugor Nyelvtudományi Tanszéken belül megalakult az Altajisztikai Csoport, amelynek tíz év után sikerült elérnie az önálló tanszéki rangot. A méltán elismert tudású Róna-Tas Andrást olyan neves tudósok követték a tanszékvezetői székben, mint Berta Árpád, Ivanics Mária és Zimonyi István.

A Szegedi Tudományegyetemen lényegét tekintve elsősorban turkológiai képzés folyik, ahol a török mint fő nyelv mellé a hallgatók másik altaji nyelvként a kazakot vagy a burjátot választhatják. Nem véletlen, hogy a tanszéki honlapon a mesterszak ismertetőjénél az altajisztika után zárójelben ott áll, hogy turkológia. A szegedi egyetem abban látja a különbséget a saját képzése és a budapesti között, hogy az ő képzésük nemcsak a törökországi török nyelvet, hanem a kazak és a burját nyelvet, illetve az összehasonlító altajisztikát is előtérbe helyezi, míg történeti szempontból pedig a steppetörténetre és a török-magyar kapcsolatokra összpontosít. Mindenképp említésre méltó, hogy a tanszéknek Keleti Gyűjtemény néven rendkívül értékes könyvtárat sikerült létrehoznia, mivel olyan, világszerte máig is a legmegbecsültebb altajisták közé tartozó tudósok magánkönyvtárához jutott hozzá, mint Németh Gyula, Ligeti Lajos és Sinor Dénes.