1874. február 1-jén indult, 1917-ig folyamatosan működött, majd attól kezdve 1930-ig nem jelent meg. Akkor újraindult, ám 1947-ben a kommunista hatalom zúzdábaküldte. A diktatúra bukását követően ismét elindult. Évszámokban röviden ez az Erdélyi Múzeum-Egyesület folyóiratának története.

1874-től jelenik meg az Erdélyi Múzeum-Egyesület (EME) Történettudományi (ma: Bölcsészet-, nyelv- és történettudományi) Szakosztályának a tudományos folyóirata Erdélyi Múzeum címmel. A folyóirat első szerkesztője Finály Henrik, a neves klasszika-filológus, egyetemi tanár, az Egyesület titkára lett. (A többi szakosztálynak egyéb önálló kiadványai vannak.) A világháborúk és az azt követő impériumváltások törést jelentettek a folyóirat kiadásában: az Erdélyi Múzeum 1917-től 1930-ig nem jelenhetett meg, majd 1930-as újraindításnak az vetett véget, hogy 1947-ben a romániai kommunista hatalom zúzdábaküldte az LII. kötet kinyomtatott íveit.

„1814-ben szedte először a betűket úgy sorba a nyomdász, hogy belőlük az ERDÉLYI MÚZÉUM címet formálta, és 1947-ben következett be az a minősíthetetlen kártevés, minek következtében az LII. kötet kinyomtatott íveit az önkény szolgálatos hangadói papírzúzdába küldték A közben eltelt négy emberöltőnyi időben többször kellett mindent elölről kezdeni; talán a folyóirat címében is rejtőzött valami sugalmazó, sarkalló erő, hogy az újrakezdések, heroikus nekigyürkőzesek nyomában mégiscsak összegyűltek könyvtáraink polcain folyóiratunk több mint félszáz évfolyamának testes kötetei.” – Benkő Samu idézte fel mindezeket beköszöntő írásában, amikor a kommunista diktatúra több évtizedes szünete után újra megjelent az Erdélyi Múzeum-Egyesület tudományos folyóiratának, az Erdélyi Múzeumnak az 53. évfolyam első füzete.

Az erdélyi magyar tudományosság újkori intézményesülése a XVIII. század végéig, Bod Péter, gróf Batthyány Ignác erdélyi püspök és Aranka György tudós társaságot alapító terveiig vezethető vissza, az általuk tervezett társaság azonban vagy meg sem valósult, vagy nem volt hosszú életű. A fentebb említett, Döbrentei Gábor által alapított folyóirat, az Erdélyi Múzeum köré szervezett egyesület is néhány éves működés után, 1819-ben feloszlott.

A reformkorban a magyarországi példa nyomán (a Magyar Nemzeti Múzeum és a Magyar Tudományos Akadémia megalapítása) Erdélyben is felerősödtek az ehhez hasonló kezdeményezések: gróf Kemény József és gróf Kemény Sámuel jelentős magángyűjteményeiket ajánlották fel az erdélyi országgyűlés 1842. június 21-i ülésén egy erdélyi nemzeti múzeum számára. A múzeumalapítást nem támogatták a szászok követei, hiszen Nagyszebenben már régóta működött a báró Bruckenthal Sámuel által a szász nációnak adományozott gyűjtemény, s 1840-ben létrejött a Verein für Siebenbürgische Landeskunde elnevezésű egyesületük is, amely foglalkozott a erdélyi szászok történelmével, művelődésével. A románok is önálló nemzeti közművelődési intézményben gondolkodtak, végeredményben így alakult meg 1861-ben az Astra (Asociațiunea Transilvană), amely célját a román irodalom előbbre vitelében, a román nép közművelődésének segítésében jelölte meg. Az alapítandó új múzeum tervét tehát csak a magyarok és székelyek támogatták.

A reformkortól húzódó terv megvalósulására 1859. november 23–26-án, ünnepélyes közgyűlés keretében került sor Kolozsváron. Az Egyesület elnöke gróf Mikó Imre lett, aki kolozsvári villáját s több mint tízholdas kertjét ajánlotta fel az Erdélyi Múzeum-Egyesület számára. Nemcsak közéleti szerepvállalása, de nagylelkű adománya is hozzájárult ahhoz, hogy a kortársak „Erdély Széchenyije”-ként emlegették.

Az Erdélyi Múzeum-Egyesület feladatait az alábbiak szerint határozták meg: 1. Múzeum felállítása és fenntartása; 2. a múzeumi anyag tudományos feldolgozása; 3. a tudomány és kultúra terjesztése. Az Egyesületnek komoly szerepe volt abban is, hogy Magyarország második tudományegyeteme Kolozsváron jött létre, az EME ugyanis átengedte tudományos gyűjteményeit, például ásvány- vagy régiséggyűjteményét – tulajdonjogának fenntartása mellett – az egyetem számára. Könyvgyűjteménye lett az Egyetemi Könyvtár alapja, az egyetemi klinikák pedig a Mikó-kertben épültek fel.  

Miután a vesztes világháborút követően Kolozsvár román kézre jutott, s a régi Ferencz József Tudományegyetemből létrehozták az I. Ferdinánd Király Tudományegyetemet, a magyar magánszemélyek és testületek felajánlásából létrejött tudományos gyűjtemények a román állam tényleges fennhatósága alá kerültek, az Erdélyi Múzeum-Egyesület anyagi bizonytalansággal nézett szembe. 1930-ban Wass Ottilia grófnő adományának köszönhető – aki kolozsvári főtéri palotáját az Egyesületnek ajándékozta –, hogy az EME anyagi helyzete végül rendeződött, és folyóiratának, az Erdélyi Múzeumnak a kiadása ismét lehetővé vált.

Az Egyesület – amelyet a kommunista hatalom 1949-ben betiltott – 1990-ben kezdte meg újra működését. Újjászülető folyóirata – fenntartva a jogfolytonosságot – „Erdély földje és népei múltjának, jelenének és jövendőjének minden felmerülhető kérdését szakszerűen, módszeresen, szigorú tudományos tárgyszerűségre törekvően és a napi politika esetlegességeitől óvakodva kívánja tárgyalni. Reméljük, hogy mindezeknek kutatásához belátható időn belül intézményes hátteret teremthet Egyesületünk, mégpedig fiatal kutatók munkába állításával.” (Benkő Samu) Az egyesületi háttér mára képes biztosítani az EME számára a széles társadalmi beágyazottságot, emellett pedig a fent vázolt kutatások elvégzése, koordinálása érdekében Kutatóintézet működik az Egyesület kebelében.