A múlt eseményeinek feltárása, az egykor élt emberek eredetének tudományos megismerése mindig is motiválta a kutatókat. Az evolúcióbiológia létrejötte Charles Darwin és Alfred Russel Wallace nevéhez köthető, ők publikálták először az első átfogó evolúciós elméletet a XIX. század közepén.

Az evolúciós folyamatokat az 1980-as évekig főleg morfometriai elemzésekkel próbálták feltárni. Az archeogenetika, mint tudományterület, 1984-ben jelent meg. Russel Higuchi munkacsoportjának ekkor sikerült először izolálni és megszekvenálni egy kihalt állatfaj, az Equus quagga quagga DNS-ét egy múzemi példányból. Nem sokkal később Svante Pääbo svéd genetikus egy 2400 éves múmia maradványaiból vont ki sikeresen DNS-t. Ezek a felfedezések bebizonyították, hogy az örökítőanyag speciális körülmények között az elhalt, akár több száz éves maradványokban is megőrződik. Ezzel a múltbéli evolúciós folyamatok rekonstruálásának új lehetősége nyílt meg, mivel a kutatók közvetlen bizonyítékokat szerezhettek a múltban történt evolúciós eseményekről. 

Az archeogenetika, más néven régészeti genetika a régészeti maradványokból kinyert örökítőanyag vizsgálatával foglalkozik, a molekuláris genetika és bioinformatika eszköztárát felhasználva. A genetikai elemzés ezen formája alkalmazható különböző patogének, növényi, állati és emberi minták esetében is. 

A kezdeti kutatások nehezen birkóztak meg az archaikus DNS (aDNS) munka technológiai kihívásaival. A régészeti mintákból származó DNS alacsony mennyisége, nagy mértékben károsodott szerkezete, és a külső forrásból származó szennyező DNS jelenléte megnehezítette a vizsgálni kívánt örökítőanyag kinyerését és annak elemzését. A molekuláris biológiai eszközök fejlődésével, elsősorban a polimeráz láncreakció (PCR) eljárásának kifejlesztésével azonban lehetővé vált a maradványokban kis mennyiségben jelenlevő örökítőanyag felsokszorozása, ami lehetővé tette az aDNS tudományos igényű tanulmányozását. Ezt a lassú, vesződséges és alacsony felbontású eljárást mára nagyrészt felváltották az újgenerációs szekvenálási technológiák, amelyek lehetővé teszik a nagyobb mennyiségű és jobb minőségű adatok vizsgálatát. Jelenleg ezt a legmodernebb technológiát alkalmazza a Magyarságkutató Intézet is az archeogenetikai kutatások során.

Az aDNs-ből nyerhető információk felhasználása széleskörű és hozzájárul a múlt és ezáltal a jelen átfogó megértéséhez. Eredményeit több tudományterület felhasználja, beleértve a történészetet, nyelvészetet, régészetet, antropológiát, botanikát, zoológiát, paleopatológiát, mikrobiológiát, genetikát és evolúcióbiológiát. Az archaikus DNS-sel foglalkozó kutatások multidiszciplináris megközelítést igényelnek, hiszen a vizsgált minták beszerzése és az eredmények értékelése során a kutatók nagyban támaszkodnak a különböző társtudományokra.

A régészeti genetika felhasználásával jobban megérthetjük az emberiség eredetét, különböző népcsoportok kialakulásának történetét, feltárhatók különböző populációs események (keveredések, vándorlások) és adaptációs folyamatok, de vizsgálhatjuk különböző fertőző betegségek megjelenését és elterjedését, haszonállatok és növények domesztikációs folyamatait, valamint lehetőségünk van elhunyt személyek azonosítására is.