Együttműködési megállapodást írt alá a közelmúltban a Magyarságkutató Intézet a Kyrgyz-Turkish Manas Universityvel, Kirgizisztán egyik legnagyobb állami egyetemével, amelynek létrehozásáról Törökország és Kirgizisztán 1995 szeptemberében döntött. A két ország által működtetett egyetem keretein belül az oktatásban kiemelt tudományágként jelenik meg a közép-ázsiai és türk civilizáció és nyelv kutatása.

A kooperáció általános célja a magyar és kirgiz történelem és identitás meghatározó pontjainak összekapcsolása a tudományos kutatásokon keresztül, különös tekintettel a történelem, a nyelvészet, a régészet, a néprajz és népzenekutatás területére. 

Az együttműködés részeként a Magyarságkutató Intézet és a Kyrgyz-Turkish Manas University a jövőben közös kutatási programokat indít, és lehetőségük nyílik egymás programjaiban részt venni. A két intézet kötelezettséget vállal arra, hogy egymást meghívják rendezvényeikre, továbbá együttműködnek az események lebonyolításában, és segítséget nyújtanak egymás szakmai programjaiban. Ezen túlmenően törekszenek közös részvételre állami, nemzetközi és egyéb nyilvános tudományos pályázatokon, kutatócsoportokba delegálnak a programjuk megvalósításához szakértőket, szakmai támogatást nyújtanak egymásnak, valamint közreműködnek tudományos munkák előkészítésében és kiadásában. 

Az együttműködés kiterjed a nyelvészeti, a történeti és a néprajzi – különös tekintettel a folklór- és népzenekincsre – tudományokra. A történeti nyelvészeten belül az urál-altáji tipológiai vizsgálatokra különböző nyelvi szinteken, nyelvtervezésre, valamint az Intézet európai nyelvstratégiák összehasonlító vizsgálatára irányuló kutatásainak kiterjesztésére a posztszovjet térség államaira. A történeti tudományok területén – az eszmetörténet részeként – fókuszba kerül a kirgiz szépirodalmi, filozófiai vagy lelkiségi alkotások magyarra, illetve magyar szépirodalmi filozófiai vagy lelkiségi alkotások kirgizre fordításának megszervezése, amelyek a két országot közelebb hozhatják egymáshoz. 

A felek megállapodtak, hogy a történelem és régészet keretein belül összehasonlító vizsgálatokat végeznek a magyar és kirgiz etnogenezis folyamatáról és problémáiról, illetve a szovjet érából való átmenetről, valamint a régészet terén  együttműködnek szkíta, szaka, hun, türk és kirgiz kori régészeti anyagok feltárásában, kutatásában, publikálásában, közös konferenciák megtartásában.  Mivel a szkíta, szaka, hun és türk régészeti hagyaték a magyar őstörténet szempontjából is releváns, ezért az érintett kultúrák hagyatékából feltárt embertani leletek archeogenetikai vizsgálatát a Magyarságkutató Intézet archeogenetikai kutatóközpontja a feltáró régészek jóváhagyása esetén el tudja végezni. Ezeknek az anyagoknak a feldolgozása és publikálása közös megegyezéssel és mindkét ország régészeivel együttműködésben történik.