A XIX. század végén a magyar nyelvtudományban lezajlott, úgynevezett ugor-török háború nyomot hagyott a magyar közgondolkodásban. Sokan úgy vélhetik, hogy ellentét feszül az altajisták (turkológusok, mongolisták) és a finnugristák között a magyar nyelv eredetével és rokonsági viszonyaival kapcsolatban. 

Meg kell jegyezni, hogy míg a nyelvészet eszközeivel a magyar nyelv eredete és rokonsága nagy valószínűséggel azonosítható, addig a magyar nép eredetének és (genetikai) rokonságának megállapítása jóval bonyolultabb interdiszciplináris kutatásokat igényel, és a nyelvi viszonyoknál mindenképp jóval bonyolultabb képet mutat.

Az első magyar turkológust, Vámbéry Ármint (1832-1913) nemzetközi szinten is a turkológia egyik megalapítójának tekinthetjük. Vámbéryt a török-magyar szóegyezések vizsgálatakor erős törökbarát érzelmi töltet vezérelte, ezért nagyvonalúan kezelte, vagy néha figyelmen kívül hagyta a nyelvészeti módszertani szempontokat. Emiatt az általa leírt török-magyar szóegyezéseknek csak mintegy egyharmada bizonyult helytállónak. 

Vámbéry munkásságával sok tekintetben párhuzamba állítható Szentkatolnai Bálint Gáboré (1844–1913), aki magyar-mongol összehasonlító munkája során ugyanabba a hibába esett, mint Vámbéry, vagyis egy érzelmi-ideológiai alapon általa bizonyítani szándékozott koncepció érdekében eltért a szigorú tudományos normáktól. A későbbi elemzések alapján a Bálint által vélelmezett ezer egyezés közül nem egészen száz bizonyult kétségek nélkül helytállónak, ezek nagy része azonban török párhuzammal is rendelkezik.  

Vámbéryt és Szentkatolnait azonban nagy hiba lenne összemosni a dilettáns nyelvhasonlítókkal. Vámbéry török, illetve Szentkatolnai mongol nyelvismerete világviszonylatban is kiemelkedő volt, nemcsak az irodalmi nyelvre, hanem a különböző nyelvváltozatokra vonatkozóan is. Így az általuk felállított szólisták nagyszerű kiindulási alapot jelentettek az őket követő kutatók számára, hiszen gyakorlatilag felölelték az összes szót, amely kapcsán egyáltalán, bármilyen kis valószínűséggel is, felmerülhetett a magyarral való egyezés, egyben be is határolták a szavaknak azt a körét, amelyen kívül gyakorlatilag értelmetlen dolog vizsgálódni. 

Vámbéry utóda a török tanszéken Németh Gyula (1890–1976) volt. Munkásságának jelentőségét jól mutatja, hogy Türkische Grammatik című műve más német nyelvű könyvével együtt a Kemal Atatürk által szorgalmazott törökországi nyelvújítási mozgalom alapművévé vált.  A honfoglaló magyarság kialakulása című műve második, átdolgozott kiadásában megvizsgálja azt a nézetet, hogy a magyarság esetleg nyelvcserével jutott volna finnugor nyelvéhez, és teljesen igazolhatatlannak tartja azt. Ugyanakkor hangsúlyozza, hogy a magyarság többféle török nyelvvel került kapcsolatba, csuvasos jellegűvel éppúgy, mint ahogy oguz, azaz köztörök típusúakkal. Megjegyzi, hogy a török hatások a magyar nyelv belső fejlődését a legcsekélyebb szempontból sem befolyásolták. 

Gombocz Zoltán (1877–1935) figyelme a turkológián belül elsősorban a csuvas nyelv és annak nyelvjárásai kutatására irányult, mivel nyelvünk legrégebbi török jövevényszavai olyan hangtani sajátságokat mutatnak, amelyek az élő nyelvek közül csak a csuvasban mutathatók ki. Turkológiai munkálkodásának eredményeképpen született meg a Honfoglalás előtti török jövevényszavaink (1908) című műve, illetve annak német nyelvű változata Die bulgarisch-türkischen Lehnwörter in der ungarischen Sprache (1902) címmel. Ezekben körülbelül kétszáz, honfoglalás előtti jövevényszót azonosít.

Ligeti Lajos (1902–1987) az egyike az altajisztika nemzetközi szinten számontartott legnagyobb alakjainak, aki számtalan ázsiai nyelvet ismert igen beható módon. Ligeti rámutat, hogy a magyar nyelv török jövevényszavai nem egy, hanem több nyelvből származnak, azonkívül nem egyidőben, hanem különböző időpontokban kerültek nyelvünkbe. Rámutat, hogy török jövevényszavaink túlnyomó része vándorszó (például oroszlán, árok, bika, árpa), amely a magyaron kívül számos egyéb nyelvbe is bekerült. Ligeti a fonetika terén megállapította, hogy jelentős behatás nem történt, azokat a hangokat, amelyek nem léteztek a magyar hangrendszerben az átvétel idején, egy hozzájuk közel álló hanggal helyettesítették, például a dzs-t gy-vel. Az alaktant vizsgálva megállapítja, hogy mind a névszói, mind az igeragozásból hiányzik bármiféle török hatás. A szintaxissal kapcsolatban azt emeli ki, hogy a finnugor és a török közti tipológiai rokonság miatt felesleges bármilyen török hatással igazolni a nagyfokú egyezést. Ligeti A magyar nyelv török kapcsolatai a honfoglalás előtt és az Árpád-korban című 1986-ban megjelent monográfiájában 280 török eredetű magyar szóval számol. 

Ligeti Lajos egyik jeles tanítványa Róna-Tas András (sz. 1931), akinek a magyar nyelvészethez kapcsolódó fő tevékenysége a török jövevényszavak elemzése volt, de foglalkozott a magyar nyelv hangrendszerének kialakulásával is. Róna-Tas a tanítványával, Berta Árpáddal közösen írt kétkötetes West old Turkic. Turkic loanwords in Hungarian (2011) című művében 419 magyar szóval kapcsolatban állítja, hogy biztos vagy lehetséges, illetve valószínű a török eredete, amelyek közül 384-nek volt az átadója egy nyugati ótörök nyelv. Ezek közül 26-ot tart a nyugati ótörökben is idegennek, főleg perzsa eredetűnek. A 290 biztos minősítésű nyugati ótörök átvétel több mint felének van megfelelője a mai csuvasban. 

Összegzésként elmondhatjuk, hogy a magyar turkológusok kutatásai szerint a török nyelv nem áll közvetlen genetikai kapcsolatban a magyar nyelvvel, azaz nem egy közös alapnyelv leszármazottai. A magyar nyelvet különböző időben török behatások érték, amelyek közül egy csuvasos típusú nyelv – minden valószínűséggel a volgai bolgár – hatása a legjelentősebb. A behatások ellenére a magyart semmiképpen sem tekinthetjük keveréknyelvnek, az megőrizte eredeti finnugor jellegét, a török hatások elsősorban a szókincsben jelennek meg. A magyar szókészletbe szervesen beépült néhány száz török szó, amelyek egy része kifejezetten műveltségi szó.